Loại hình DNTN mặc dù mang lại sự linh hoạt và quản lý đơn giản do chỉ có một chủ sở hữu, nhưng cũng gặp phải nhiều hạn chế đáng lưu ý. Đầu tiên, do không có tư cách pháp nhân, doanh nghiệp này phải chịu trách nhiệm vô hạn trước pháp luật, khiến chủ sở hữu đối mặt với rủi ro tài chính cao. Thêm vào đó, vì không có sự liên kết góp vốn, việc thu hút vốn đầu tư lớn để mở rộng kinh doanh trở nên khó khăn. DNTN cũng không thể phát hành chứng khoán hay tham gia vào các hình thức doanh nghiệp khác như công ty TNHH, công ty cổ phần. Hạn chế này khiến chủ sở hữu không có nhiều cơ hội mở rộng quy mô hoặc đầu tư vào các lĩnh vực mang tính rủi ro khác. Tuy nhiên, đối với loại hình doanh nghiệp này, chủ sở hữu lại có những đặc quyền rất riêng, mà các chủ sở hữu của các loại hình doanh nghiệp khác không có được. Có lẽ vì vậy, mà rất nhiều các nhà đầu tư vẫn ưa thích và lựa chọn mô hình doanh nghiệp này cho hoạt động kinh doanh của họ.
Thứ nhất, có thể thấy chủ sở hữu DNTN là người duy nhất đầu tư vốn và thành lập doanh nghiệp, nên họ sẽ sở hữu quyền lực tuyệt đối trong việc quyết định mọi khía cạnh của cơ cấu tổ chức và hoạt động sản xuất kinh doanh. Điều này có nghĩa là, chỉ một mình chủ DNTN có thẩm quyền quyết định về các quyết sách quản lý, tổ chức công việc, và các hoạt động chiến lược của doanh nghiệp mà không cần phải tham gia vào các cuộc thảo luận hay đàm phán với bất kỳ ai khác. Điều này tạo ra sự linh hoạt và tính nhất quán trong quản lý doanh nghiệp của chủ sở hữu DNTN. Quyền đặc biệt của chủ sở hữu loại hình doanh nghiệp trong hoạt động tổ chức doanh nghiệp mà pháp luật cho phép chính là toàn quyền tự xây dựng cơ cấu tổ chức như doanh nghiệp đó có bao nhiêu phòng ban, bao nhiêu chức danh quản lý… theo đúng ý chí và mong muốn của chủ sở hữu. Trong khi đó, các loại hình doanh nghiệp còn lại các chủ sở hữu sẽ cần phải xây dựng cơ cấu tổ chức theo quy định của pháp luật ở mức cơ bản như: (i) Cơ cấu tổ chức quản lý của các loại công ty TNHH một thành viên thì pháp luật đang ấn định mô hình cơ cấu tổ chức, và có sự khác biệt tùy thuộc vào chủ sở hữu là tổ chức hoặc cá nhân. Nếu công ty TNHH do một tổ chức làm chủ sở hữu thì công ty này có thể tổ chức quản lý và hoạt động dưới các mô hình như Chủ tịch công ty, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc, hoặc Hội đồng thành viên, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Trong trường hợp công ty có chủ sở hữu là doanh nghiệp nhà nước, theo quy định pháp luật, cần phải thành lập Ban kiểm soát[4]. Nếu công ty TNHH do một cá nhân làm chủ sở hữu thì công ty thường có Chủ tịch công ty, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc[5]; (ii) cơ cấu tổ chức quản lý của công ty TNHH hai thành viên trở lên thì cần có Hội đồng thành viên, Chủ tịch Hội đồng thành viên, Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Nếu công ty TNHH hai thành viên trở lên là doanh nghiệp nhà nước theo quy định và công ty con của doanh nghiệp nhà nước theo quy định phải thành lập Ban kiểm soát[6]; (iii) đối với công ty cổ phần thì pháp luật đang ấn định hai mô hình quản lý để các cổ đông có thể lựa chọn, mô hình một là Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát và Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Trường hợp công ty cổ phần có dưới 11 cổ đông và các cổ đông là tổ chức sở hữu dưới 50% tổng số cổ phần của công ty thì không bắt buộc phải có Ban kiểm soát; mô hình hai là Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị và Giám đốc hoặc Tổng giám đốc.Trường hợp này ít nhất 20% số thành viên Hội đồng quản trị phải là thành viên độc lập và có Ủy ban kiểm toán trực thuộc Hội đồng quản trị. Cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của Ủy ban kiểm toán quy định tại Điều lệ công ty hoặc quy chế hoạt động của Ủy ban kiểm toán do Hội đồng quản trị ban hành[7]; (iv) và cuối cùng đối với cơ cấu tổ chức của công ty hợp danh được hiểu sẽ có Hội đồng thành viên và các thành viên hợp danh sẽ thực hiện quản lý công ty này[8]. Như vậy có thể thấy rằng, chỉ duy nhất DNTN, pháp luật doanh nghiệp hoàn toàn không có quy định về cơ cấu tổ chức như các loại hình doanh nghiệp còn lại.
Thứ hai, khi đánh giá về quyền của chủ sở hữu DNTN trong lĩnh vực tài chính của doanh nghiệp, vì DNTN không có tư cách pháp nhân, nên vấn đề tách bạch tài sản giữa DNTN và chủ sở hữu không được đặt ra, chính vì vậy, khi đầu tư vốn vào DNTN, chủ sở hữu không cần thực hiện nghĩa vụ chuyển quyền sở hữu vốn qua cho doanh nghiệp. Đối chiếu với công ty hợp danh, cũng là loại hình mà các chủ sở hữu có chế độ chịu trách nhiệm vô hạn, thì các thành viên hợp danh và thành viên góp vốn của loại hình doanh nghiệp này vẫn phải thực hiện nghĩa vụ chuyển quyền sở hữu vốn góp/tài sản góp vốn qua cho công ty hợp danh. Chính vì không phải chuyển quyền sở hữu vốn qua cho DNTN, mà chủ doanh nghiệp sẽ được toàn quyền tự chủ trong việc quyết định, định đoạt toàn bộ vốn, tài sản trong doanh nghiệp đó một cách linh hoạt theo yêu cầu kinh doanh và nhu cầu bản thân của chủ sở hữu. Có thể thấy đặc quyền rõ ràng nhất trong lĩnh vực tài chính doanh nghiệp của chủ sở hữu DNTN chính là quyền rút lại một phần vốn đã đầu tư cho hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp mà hầu như không bị ràng buộc bất kỳ điều kiện nào ngoài nghĩa vụ phải ghi chép lại đầy đủ trong sổ sách kế toán và đăng ký lại với với cơ quan đăng ký kinh doanh. Trong khi đó, các loại hình doanh nghiệp khác, để rút lại vốn góp/vốn đầu tư một cách trực tiếp là điều không thể, như (i) thành viên của Công ty TNHH hai thành viên không được rút vốn dưới bất kì hình thức nào, trừ trường hợp yêu cầu công ty mua lại phần vốn góp và chuyển nhượng vốn góp của mình cho người khác và một số trường hợp đặc biệt[9] hoặc (ii) các cổ đông không được rút vốn đã góp bằng cổ phần phổ thông ra khỏi công ty dưới mọi hình thức[10]…
Một quyền đặc biệt tiếp theo mà chỉ duy nhất chủ sở hữu DNTN được pháp luật hiện hành cho phép, đó chính là quyền cho thuê doanh nghiệp[11]. Có thể thấy đây là một quyền khá thú vị mà pháp luật chỉ dành riêng cho chủ sở hữu DNTN. Bản chất của hoạt động cho thuê doanh nghiệp, cũng tương đồng với việc cho thuê tài sản trong hoạt động dân sự, thương mại khác, đó là chủ sở hữu DNTN sẽ chuyển giao quyền chiếm hữu và sử dụng toàn bộ doanh nghiệp cho người khác trong một khoản thời gian và nhận lại một khoản tiền thuê. Qua đặc quyền này, có thể thấy DNTN đang được hiểu như một loại tài sản đặc biệt của chủ sở hữu. Việc có cho thuê doanh nghiệp của mình hay không, quyết định đối tác cho thuê cũng như thỏa thuận về trách nhiệm, quyền lợi cụ thể giữa chủ sở hữu và người đi thuê thuộc toàn quyền của chủ sở hữu và được ghi nhận trong Hợp đồng cho thuê doanh nghiệp. Và đương nhiên, việc cho thuê không chuyển giao quyền sở hữu DNTN của chủ sở hữu, nên chế độ chịu trách nhiệm vô hạn vẫn thuộc về chủ sở hữu, vì vậy việc thỏa thuận hợp đồng cho thuê doanh nghiệp cần kỹ lưỡng để giảm thiểu rủi ro một cách tối đa cho chủ sở hữu trong thời gian người thuê doanh nghiệp thực hiện hoạt động kinh doanh là hết sức cần thiết.
Cũng dựa trên quan điểm pháp lý DNTN là một loại tài sản đặc biệt thuộc quyền sở hữu của chủ sở hữu, mà chủ sở hữu còn có thêm đặc quyền nữa mà các chủ sở hữu của các loại hình doanh nghiệp khác không có được, đó chính là quyền bán, tặng cho DNTN[12]. Khi quyết định bán, tặng cho DNTN tức là chủ sở hữu quyết định chuyển giao toàn bộ các quyền chiếm hữu, quyền sử dụng và quyền định đoạt doanh nghiệp cho người khác, hay nói một cách khác là DNTN sẽ thay đổi chủ sở hữu. Đối với các loại hình doanh nghiệp còn lại, thì rõ ràng các chủ sở hữu, cổ đông, thành viên không có được đặc quyền này, bởi lẽ các doanh nghiệp còn lại đều có tư cách pháp nhân, được hiểu các doanh nghiệp này là các chủ thể độc lập, các chủ sở hữu, cổ đông hay thành viên chỉ có thể bán, tặng cho phần vốn góp, cổ phần của mình tại các doanh nghiệp này mà không có quyền bán, tặng cho doanh nghiệp cho người khác.
